Recientemente, el Ministerio de Economía ha anunciado algunos cambios en su estructura organizativa, orientados a adaptarla a distintas novedades legislativas. Así, desaparecen algunas unidades mientras que se crean otras y cambian algunas de sus funciones.
La creación, por Ley 15/2007 de 3 de julio de Defensa de la Competencia, de la Comisión Nacional de la Competencia tiene como efecto la desaparición del Tribunal de Defensa de la Competencia y, además, la asunción por parte de dicha Comisión de la mayoría de las funciones asignadas hasta entonces a la Dirección General de Defensa de la Competencia, por lo que se decide que desaparezca esta última unidad creando en su lugar una Subdirección General de Competencia y Regulación Económica que asumirá aquéllas funciones de la unidad desaparecida que no hayan sido asignadas a la Comisión. Por otro lado, el Reglamento Comunitario de 11 de julio de 2006 (pdf) (que refuerza los mecanismos para la gestión de los fondos europeos) recomendaba la existencia de una unidad específica que se encargase de la gestión de los pagos de los programas comunitarios. Para responder a esta recomendación, se crea la Subdirección General de Certificados y Pagos y, adicionalmente, se modifica a la anterior Subdirección General de Fondos de Compensación y Cohesión (que pasa a llamarse de Fondos de Cohesión y de Cooperación Interterritorial), para centralizar todos los programas transfronterizos y de cooperación interregional europea, todo ello dentro de la Dirección General de Fondos Comunitarios.
Finalmente, ante la entrada en vigor de la Ley de Contratos del Sector Público(pdf) (que siguiendo las recomendaciones de la UE regula la contratación electrónica y crea la Plataforma de Contratación del Estado), se crea dentro de la Dirección General del Patrimonio del Estado la Subdirección General de Coordinación de la Contratación Electrónica, cuya misión será impulsar y coordinar la implantación de medios electrónicos para la contratación por parte del Estado.